Eines der bekanntesten und für Innsbruck bedeutendsten Fürstenpaare regierte Tirol exakt während der Zeit, in der der Dreißigjährige Krieg Europa verheerte. Als Maximilian III. von Österreich kinderlos starb, brauchte es einen Ersatz als Statthalter Tirols. Der Habsburger Leopold (1586 – 1632), im Jahr 1618 noch Bischof von Passau, wurde auserkoren, um die landesfürstlichen Regierungsgeschäfte zu führen. 1625 verzichtete der mittlerweile zum Herzog Erhobene auf seine kirchlichen Würden um heiraten und eine neue Tiroler Linie des Hauses Habsburg gründen zu können. Zu seiner Braut wurde Claudia de Medici (1604 – 1648) vom mächtigen und reichen Fürstengeschlecht aus der Toskana erkoren. Die Medici hatten mit Baumwoll- und Textilhandel, vor allem aber mit Finanzgeschäften ein Vermögen verdient und waren zu politischer Macht gekommen.

Unter den Medici war Florenz das kulturelle und finanzwirtschaftliche Zentrum Europas geworden, vergleichbar mit dem New York des 20. Jahrhunderts. Leopold setzte alles daran, um seine Residenzstadt in diese Liga zu katapultieren.  Die Hochzeitsfeierlichkeiten sollten der Verbindung zwischen Habsburg und Medici würdig sein. Es war eines der prächtigsten Feste in der Geschichte Innsbrucks und hielt die Stadt zwei Wochen lang in Atem. Das Brautpaar zog in einem langen Zug durch zwei eigens errichtete Pforten in der Stadt ein. Ein breites Unterhaltungsprogramm, darunter „Bears, Turks and Moors“ versetzten Gäste und Bürger in Verzückung und Erstaunen.

Innsbruck wurde unter Leopolds Regentschaft großflächig barock umgestaltet. Am Hof fanden spektakuläre Feste im Beisein des europäischen Hochadels statt. Showeinlagen wie Löwenkämpfe mit den Tieren aus dem landesfürstlichen Bestand, den Ferdinand II. am Hofgarten gründen ließ, Theater und Konzerte dienten der Zerstreuung der höfischen Gesellschaft. Auch die Sitten der rauen Älpler sollten sich bessern. Fluchen, Herumschreien und der Gebrauch von Schusswaffen auf offener Straße wurden ebenso verboten wie das freie Umherlaufen von Nutztieren innerhalb des Stadtgebietes. Abfälle, die besonders bei ausbleibendem Regen, wenn kein Wasser durch das Kanalsystem floss, ein Problem waren, wurden per fürstlicher Verordnung regelmäßig gereinigt.

The couple's reign, which was characterised by the turmoil of the Thirty Years' War, was less splendid than their idea of a royal seat. Although Innsbruck was spared direct acts of war, the supply situation was nevertheless precarious. Leopold and Claudia only allowed their glamourous court life to be limited by this.

After Leopold's early death, Claudia ruled the country with the help of her court chancellor Wilhelm Biener (1590 - 1651) with modern, early absolutist policies and a strict hand. Biener centralised parts of the administration and disempowered the often corrupt and arbitrary local petty nobility in favour of the prince in order to finance the expansion of the Tyrolean defence system. The Swedes, who were notorious for their brutality, threatened the Tyrolean borders, but could thus be repelled. Defence fortifications were built near Scharnitz on today's German border and named after the sovereign princess Porta Claudia genannt. Überreste davon sind noch heute zu besichtigen. Der unbequeme Biener wurde vom Nachfolger Claudias, Erzherzog Ferdinand Karl, und den Landständen als Persona non grata imprisoned and beheaded in 1651 after a show trial.

A touch of Florence and Medici still characterises Innsbruck today: both the Jesuit church, where Claudia and Leopold found their final resting place, and the Mariahilf parish church still bear the coat of arms of their family with the red balls and lilies. The Old Town Hall in the old town centre is also known as Claudiana known. The theatre in Innsbruck is particularly associated with Leopold's name to this day, and a fountain on the forecourt commemorates him. A street name in Saggen was dedicated to Chancellor Wilhelm Biener.