Maximilian the German master (1558 – 1618) trat seinen Posten als Gubernator von Tirol und Vorderösterreich offiziell 1602 an. Anders als seine Vorgänger war er Verwalter des Landes, und nicht dessen Eigentümer. Das spiegelte sich in seinem Auftreten wider. Er war ein frommer und tiefgläubiger Mensch, der die christliche Nächstenliebe auf eigenartige Weise mit dem politischen Amt des Regenten unter einen Hut bringen musste. Er zog sich regelmäßig für lange Perioden in die Abgeschiedenheit seiner Studierstube ins 1594 gestifteten Kapuzinerkloster zurück, um dort unter bescheidensten Verhältnissen und enthaltsam zu leben. Er veranstaltete keine rauschenden Feste. Den aufgeblähten Hofstaat Ferdinands schrumpfte er fast um die Hälfte ein. Unter Maximilian zogen in Innsbruck strenge Sitten ein. Erzählungen nach soll Kindern das Spielen auf der Straße verboten worden sein. Als eifriger Vertreter der Gegenreformation war ihm die Durchsetzung des katholischen Glaubens ein besonderes Anliegen. Anders als seine Vorgänger wollte er das durch Sittenstrenge anstatt mit protzigen Bauprojekten erreichen. Er beschränkte sich auf die Vollendung bereits begonnener Gotteshäuser wie der Servitenkirche oder der Jesuitenkirche, anstatt die Tiroler Staatskasse mit neuen Projekten zu belasten. Der Innsbrucker Stadtteil St. Nikolaus erhielt einen eigenen Pfarrer, der über das Seelenheil der weniger begüterten, dafür umso arbeitsameren Untertanen wachte. Maximilian veranstaltete keine prunkvollen Konzerte in Theatern, sondern förderte gemeinsam mit der Witwe seines Vorgängers, Anna Katharina Gonzaga, den kirchlichen Gesang. Weihnachtskrippen und Ostergräber begannen sich als Ausdruck des Volksglaubens zu etablieren. Ob es sein Vorbild als frommer Landesfürst, seine maßvolle und umsichtige Glaubenspolitik oder gegenreformatorische Unterdrückung war, das protestantische Gedankengut starb im Heiligen Land Tirol unter Maximilians Regentschaft einen stillen Tod, während es in vielen deutschen Fürstentümern weiterhin brodelte.

However, his piety did not exclude scientific interest and the practical measures derived from it for the good of the city. The 17th century was a time when open-minded aristocrats turned to alchemists to replenish the state coffers and had horoscopes cast by scientists such as Johannes Keppler, while they violently campaigned against the "heresy" of the Protestants. The Jesuit, physicist and astronomer Christoph Scheiner, one of the discoverers of sunspots alongside Galileo Galilei, spent three years at Maximilian's court in Innsbruck and researched the function of the human eye at the Inn. Maximilian had him set up a telescope and carried out astronomical research together with Scheiner. Educational institutions also benefited from him. During his reign, the Jesuits expanded their educational mission to include the study of theology and dialectics, which was the first step towards a university. 

However, the beginning of the Enlightenment was not just a matter for the princely study room, but was also reflected in the everyday life of the citizens of Innsbruck. The city's fire-fighting system and the hygiene of the Ritschenwhich served as a sewerage system and water source within the city walls, were improved under Maximilian according to the latest knowledge of the time. The second measure in particular was intended to protect the city from a repeat of the great catastrophe under Maximilian's aegis. During his reign, he had to deal with the outbreak of a plague epidemic. The Dreiheiligenkirche church in Kohlstatt, the working-class neighbourhood of the early modern period near the Zeughaus, was built under his patronage to ensure heavenly patronage as well as protection through better hygiene. 

The year of Maximilian's death in 1618 marked the beginning of the Thirty Years' War in Europe. As boring as his pious and peaceful reign without ostentation and drama may seem today, the years of peace were probably a blessing for his contemporaries. The moralising Habsburg took the thankless middle seat between the eccentrics Ferdinand II and Leopold V and could hardly leave his mark on the city's memory. Alongside the Dreiheiligenkirche, his final resting place is his most conspicuous legacy. Maximilian's tomb in Innsbruck Cathedral is one of the most remarkable tombs of the Baroque period. 

It also tells the interesting story of the Teutonic Order. Maximilian was not only Gubernator of Tyrol and Vorderösterreich, but also Archduke of Austria, Administrator of Prussia and Grand Master of the Teutonic Order. Another Grand Master of the Teutonic Order from the House of Habsburg with a connection to Innsbruck is also buried next to him. Archduke Eugene was the supreme commander of the Austro-Hungarian army on the Italian front during the First World War. The German Orders zeigt die theologische Denkweise und die Verbundenheit von frommem Glauben und weltlicher Macht der Frühen Neuzeit anschaulich. Ergebene Frömmigkeit und Gottesfurcht traf in der Zeit bis 1500 häufig auf die Ausübung von weltlicher Macht. Der Orden wurde als Ritterorden um 1120 im Rahmen der Kreuzzüge in Jerusalem gegründet. Kirche und Rittertum vereinten sich, um Pilgern den Besuch der Heiligen Städten, vor allem der Grabeskirche, gefahrlos zu ermöglichen. Nach der Vertreibung aus Palästina engagierten sich die Ritter des Deutschen Ordens auf Seiten christlicher Magyaren in Siebenbürgen im heutigen Rumänien gegen heidnische Stämme. Im 13. Jahrhundert konnte der Orden unter Hermann von Salza im Baltikum im Kampf gegen die heidnischen Prußen viel Land gewinnen und den Teutonic Order state establish. This brotherhood acted as a kind of state that, like religious fundamentalists today, invoked God and wanted to establish his order on earth. It was ideals such as Christian charity and the protection of the poor and helpless that also characterised the Teutonic Order at its core. This made it an ideal fit for the Habsburg dynasty. After the decline of the Order in north-east Europe in the 15th century, the Order retained its possessions and power through skilful liaison with the nobility and the military, particularly in the Habsburg Empire.