Um 1500 begannen neue Gedanken in allen Lebensbereichen das Ende des Mittelalters einzuläuten. Künstler, Gelehrte und Kleriker begannen überall in Europa Hierarchien, Ordnung und Legitimationen zu hinterfragen. 1515 war es Albrecht Dürer, der 1495 bei seiner Durchreise sein berühmtes Aquarell der Stadt Innsbruck angefertigt hatte, vergönnt mit eigenen Augen ein Rhinozeros sehen, das aus Indien nach Europa gekommen war, wie ein Bild des Meisters beweist. Seefahrer wie Vasco da Gama und Kolumbus hatten neue Teile der Welt für Europa entdeckt und schafften so die Basis für eine frühe Form der kapitalistischen Globalisierung. Buchdruck und Postwesen ermöglichten die Verbreitung von Informationen und ungeahnter Geschwindigkeit. Die Welt war im Aufbruch, die Kirche, mit ihren alten Ritualen hingegen schien eine Verjüngungskur zu brauchen. Dürer war, wenn auch Lebemann und Spieler, ein gläubiger Mensch wie eine Vielzahl seiner christlich orientierten Motive beweisen. An der Allmacht der römischen Kirche begann er allerdings unter dem Eindruck der Jahrhundertwende und ihren Entdeckungen und Neuerungen ähnlich wie viele Zeitgenossen zu zweifeln. Seine Selbstporträts, die das Individuum, nicht wie die Kunst des Mittelalters Jesus und die Bibel, sind ein Ausdruck des Hinterfragens des Verhältnisses zwischen Menschen, Gott und Kirche. In Innsbruck begannen ab 1500 die Landesfürsten an den Privilegien des Stiftes Wilten, dem größten Grundherrn im heutigen Stadtgebiet, zu sägen. Infrastruktur im Besitz des Klosters wie Mühle, Säge und Sillkanal sollten stärker der Allgemeinheit zugutekommen. Die stark verweltlichte und korrupte katholische Kirche mit ihrem Zentrum in Rom kam durch Reformatoren wie John Wyclif, Jan Hus, Jean Calvin und Martin Luther unter Druck. Ihre Lehren von einem reformierten und puren Glauben abseits der dekadenten römischen Kirche und des verweltlichten Papsttums verbreiteten sich durch den modernen Buchdruck. Martin Luthers Schriften behandelten zwar primär Glaubensfragen, wenn es darum ging, nur Taufe und Abendmahl als Sakramente anzuerkennen und die Heiligenverehrung zurückzudrängen. Seine Forderungen nach Beendigung des Ablasshandels und Titel wie Von der Freiheit eines Christenmenschen bargen aber auch politischen Sprengstoff, waren päpstliche und weltliche Politik doch eng verschränkt. Die Habsburger (77)galten als erzkatholisch, das feudale System des Adels und der Kaiser legitimierten sich über den Papst und seine Lehren, wonach jeder sich seines angeborenen Standes gemäß zu verhalten habe. Störungen der religiösen Ordnung wurden daher auch als Störung der weltlichen Ordnung gesehen. In Tirol waren vor allem die Bergwerkstädte Hall und Schwaz die Zentren der Reformation, in denen Prediger wie Jacob Strauß die Menschen mit abweichenden Gedanken nicht nur im religiösen, sondern auch im sozialen Sinn aufwiegelten.  Strauß predigte vor vollen Kirchen – allerdings nach den Lehren Luthers, nicht denen des Papstes. Reformatorisch orientierte Kleriker setzten ihr ganzes Geschick in flammenden Predigten ein, während sich die offizielle Kirche hinter alter Liturgie in lateinischer Sprache, die niemand verstand, versteckte. Ein großer Teil des Erfolgs von Luthers Reform bestand darin, die Bibeltexte in deutscher Sprache zu veröffentlichen und predigen. Sola scriptura, nur die Heilige Schrift der Bibel, sollte die Basis des Glaubens bilden. Dabei waren die Kirchenreformatoren zwar papstkritisch, keineswegs aber besonders sozial oder liberal im heutigen Sinn. Der toskanische Dominikanerpater Girolamo Savonarola (1452 - 1498) errichtete in Florenz einen strengen Gottesstaat, nachdem er die Medici aus der Stadt verdrängt hatte. Der Mensch sollte für sein gottloses Dasein büßen. Spiegel und teure Gewänder als Zeichen der Eitelkeit, Musikinstrumente, gottlose Literatur und weitere allzu weltliche Dinge wurden verboten. Mit ähnlichem Furor verfuhr Jean Calvin (1509 – 1564) in Genf einige Jahre später, der religiöse Darstellungen, Musik sowie Heiligen- und Reliquienverehrung als Teil des religiösen Alltags verbieten ließ. Martin Luther ließ den 1525 revoltierenden Bauern ausrichten, dass er sich keineswegs für ihre Sache begeistern konnte, sondern eher ein Anhänger der Reformation von oben war.

1555 kam es zum Augsburger Religionsfrieden zwischen den einzelnen Parteien. Diese Vereinbarung besagte unter anderem, dass nach dem Prinzip cuius regio, eius religio der Landesfürst über die Konfession seiner Untertanen bestimmen konnte. Untertanen war es dafür erlaubt, ihre Scholle zu verlassen, ein Recht, das zu dieser Zeit nicht selbstverständlich war. Für gewöhnlich konnte ein Fürst über Mobilität und Privatleben bis hin zur Hochzeit seiner Untertanen bestimmen. Da der Landesfürst spätestens mit 1555 seine Untertanen zufriedenstellen musste, um ihre Arbeitskraft in seinem Territorium zu halten, hatte er auch für Seelsorge nach ihren Vorstellungen zu sorgen. Ferdinand I. und seine Nachfolger aus dem Haus Habsburg konnten die Reformation in Tirol erfolgreich durch Maßnahmen wie zurückdrängen. Ferdinand II. beschrieb seine Motive mit den Worten:

„aus eingebung Gotes und seines Hayligen Geistes Inspiration. Alles zu ehre des aller höchsten aus ainem Rechen inprünstigen zu der heyligen Catholischen Alleinsseligmachenden Religion tragenden eyfer.“

Anhänger der Reformation hatten es in Tirol alles andere als leicht. Protestanten konnten viele Staatsämter in katholischen Ländern wie Tirol nicht erlangen. Ihre Kirchen waren verboten. Besonders der Ablasshandel und die oftmals mangelnde Seelsorge des Klerus führte zwar immer wieder zu Unzufriedenheit und Aufruhr, trotzdem konnte sich der Katholizismus als Leitbekenntnis halten. Der Glaube, dass man im irdischen Leben für das Leben nach dem Tod durch Ablasszahlungen vorbauen könnte und ein gottgefälliges Leben die Dauer des Fegefeuers verkürzt, war ein probates Mittel der Kirche, um die Portokasse zu füllen. Je höher der Kirchenmann und größer die Spende, desto wirksamer der Ablass. Der Großteil des Geldes ging nach Rom, wo sich der Papst und sein Klerus finanzierten. Aus heutiger Sicht ist es wundervoll, dass die Kirche Geld zur Verfügung hatte, um Kunstwerke wie die Sixtinische Kapelle zu errichten, den Gedanken der Humanisten und der Vernunft widersprach es aber natürlich. Erst mit Luthers Thesen und seinen Schriften sollte sich das zu ändern beginnen. Die Maßnahmen, die am Konzil von Trient (1543 – 1563) von der römisch-katholischen Kirche ergriffen wurden wie die Verbesserung der Ausbildung von Pfarrern oder die Erhöhung in den von der Kirche betriebenen Schulen waren Reaktionen auf Reformatoren und ihre neuen Lehren im Kampf um den größten Anteil an gläubigen Untertanen.

Bis heute gilt Tirol als selbsternanntes „Heiliges Land“, wobei sich heilig explizit auf den katholischen Glauben bezieht. In Innsbruck wurden Protestanten wie in vielen anderen Regionen Österreichs unterdrückt und vertrieben. Die Wiedertäufer wurden unter der Regentschaft Ferdinands im frühen 16. Jahrhundert in Hundertschaften hingerichtet. Immer wieder kam es zu Hausdurchsuchungen, Bücherkontrollen und Zensur. Noch unter Maria Theresia im 18. Jahrhundert wurden Tiroler Protestanten in weit entlegene Teile des Habsburgerreichs zwangsumgesiedelt. Den Menschen war ihr Glaube wichtig genug, um sich für ihre Konfession kriminalisieren und zwangsumsiedeln zu lassen. Die Umsiedlungen bedeuteten aber nicht nur für die betroffenen Bürger ein Problem. Die Länder standen vor dem Problem dessen, was man heute als Braindrain bezeichnet. Mit den Umgesiedelten verließ auch Arbeitskraft das Land. 1781 erließe Kaiser Joseph II. das Toleranzpatent, das den Bau von protestantischen Kirchen erlaubte, wenn auch an Bedingungen gebunden. So durften diese Bethäuser keine Türme oder sonstigen baulichen Besonderheiten aufweisen. Die Gebäude durften keine straßenseitigen Fenster haben. In Tirol kam es zu Widerständen gegen das Toleranzpatent, man fürchtete um die guten Sitten und wollte fremdartige Religionen, Zwietracht und Unruhen aller Art vermeiden. Konvertierten Untertanen wurden Dinge wie Ehe und ein Begräbnis auf katholischen Friedhöfen verwehrt.

Nach und nach hielt die Toleranz zwar Einzug im Kaiserreich und in den Ländern, die Zusammengehörigkeit von Obrigkeit und katholischer Kirche biss sich aber weit ins 20. Jahrhundert in vielen Lebensbereiche, zum Beispiel der Schulbildung, fest. Noch 1837 wurden Protestanten aus dem Zillertal abgeschoben. Die Nachfahren der sogenannten Zillertaler Inklinanten, die unter behördlichem Druck auswanderten, leben bis heute in Deutschland. 1861 erließ Kaiser Franz Josef das Protestantenpatent, das der evangelischen Kirche mehr oder minder die gleichen Rechte wie die katholische Kirche. Die Tiroler Bevölkerung ließ sich in ihrer Beharrungsfähigkeit auch nicht vom kaiserlichen Protestantenpatent von ihrer Intoleranz abbringen. Das Argument lautete, dass es in Tirol ohnehin keine Andersgläubigen gäbe, es daher auch keiner Toleranz gegenüber Nichtkatholiken bedurfte. Erst 1876 kam es zur Gründung einer evangelischen Pfarrgemeinde in Innsbruck.

Maria Theresia zählt zu den bedeutendsten Figuren der österreichischen Geschichte. Mit der Triumphpforte und der Renovierung der Hofburg hat sie auch in Innsbruck ihre Spuren hinterlassen. Obwohl sie oft als Kaiserin tituliert wird, war sie offiziell "nur" unter anderem Erzherzogin von Österreich, Königin von Ungarn und Königin von Böhmen. Auf den Kaisertitel verzichtete sie sehr rücksichtsvoll im Sinne ihres Gatten Franz Stephan von Lothringen. Der stand als Großherzog der Toskana laut spanischem Hofzeremoniell niedriger als seine Frau, die ja Königin war. Erst mit seiner Krönung zum Römischen Kaiser konnte er sie überholen. Franz Stephan war ein fähiger und tüchtiger Mann, per Geburt konnte er aber, was die Titel anbelangt, mit Maria Theresia nicht mithalten. Er erwirtschaftete sich als Unternehmer ein großes Privatvermögen und begründete naturwissenschaftliche Sammlungen. Franz Stephan gab auch entscheidende Impulse während der Modernisierungsphase des Staates, war er doch aufgeklärt und sogar Mitglied der Freimaurer. Sein Tod machte Innsbruck für kurze Zeit zum Nabel der Welt. Während den Hochzeitsfeierlichkeiten seines Sohnes Leopold, die in Innsbruck von statten gingen, erlitt Franz Stephan einen Schlaganfall und verstarb. Die Ehe zwischen Maria Theresia und Franz Stephan, zumindest wird es so erzählt, sei sehr liebevoll gewesen, auch wenn Franz Stephan schon zu Lebzeiten mehr als nur eine Affäre nachgesagt wurde. Mit insgesamt 16 Nachkommen, die dieser Ehe entsprangen, war auch für ausreichend Nachwuchs gesorgt, der quer durch Europa verheiratet und auf wichtigen Stellen der Macht installiert wurde. Die im Zuge der Französischen Revolution enthauptete Marie Ehefrau von Ludwig XVI., war eine Tochter Maria Theresias. Maria Carolina wurde an Ferdinand von Neapel verheiratet. Hochzeiten waren auch in der als aufgeklärt geltenden Zeit Maria Theresias ein Mittel, um Außenpolitik zu betreiben. Durch die Hochzeit Marie Antoinettes wurde die Erzfeindschaft mit Frankreich zumindest für eine Zeit lang begraben. Die Dynastien der Bourbonen und der Habsburger waren geeint, zumindest bis zur Französischen Revolution.

So sehr sie sich auch als fromme Landesmutter inszenierte, Maria Theresia war nicht zimperlich in Fragen von Macht und Religion. Sie war wie fast alle Habsburger fromm katholisch. Im Trend der Zeit der Aufklärung ließ sie Aberglauben wie den Vampirismus, der in den östlichen Teilen ihres Reiches weit verbreitet war, nach neuestem Erkenntnisstand kritisch untersuchen. Gleichzeitig aber wurden Protestanten von ihr gnadenlos des Landes verwiesen. Viele Tiroler mussten ihr Heimatgebiet verlassen und sich in weiter vom Zentrum entfernten Teilen des Habsburgerreiches niederlassen. In Prag kam es 1744 zur größten Ausweisung von Juden bis zum Holocaust. Diese Diskriminierung war unter aufgeklärten Zeitgenossen keineswegs gerne gesehen, die fromme Habsburgerin ließ sich aber von ihren Beratern nicht davon abbringen sie trotzdem durchzusetzen. Bedeutend waren ihre innenpolitischen Reformen. Gemeinsam mit ihren Beratern Friedrich Wilhelm von Haugwitz, Joseph von Sonnenfels und Wenzel Anton Kaunitz schaffte sie es aus den sogenannten Österreichischen Erblanden einen modernen Staat zu basteln. Die Tatsache, dass sowohl von Haugwitz, ein konvertierter Protestant und von Sonnenfels, er mit jüdischer Abstammung, keine gebürtigen Katholiken waren, ist ein kleiner Seitenhieb der Geschichte. Besonders in Tirol stießen diese Maßnahmen auf wenig Gegenliebe. Man sah sich mehr als eigenständiges und autonomes Land, weniger als Teil eines Territorialstaates im Sinne Maria Theresias. Hatte man zuvor bereits auf die Errichtung eines eigenen Landesfürstentums verzichtet, wurde nun auch der Tiroler Landtag nicht mehr einberufen. Anstatt der Verwaltung ihrer Territorien durch den ansässigen Adel setzte sie auf eine moderne Verwaltung. Legislative und Exekutive wurden nach uns nach zentralisiert. 1747 wurde in Innsbruck durch kaiserliche Genehmigung die „kleine Polizei“ eingesetzt, die sich um Marktaufsicht, Lebensmittelkontrolle, Fremdenkontrolle, Sitten, Wirtshäuser und Gewerbelizenzen kümmerte. Für die lokale Aristokratie bedeutete dies nicht nur den Verlust von Autonomie, sondern auch höhere Steuern und Abgaben. Tirol war schon seit geraumer Zeit von Gubernatoren verwaltet worden anstatt von einem eigenen Landesfürsten. Mit der Zentralisierung verlor die lokale Regierung weiter an Einfluss. Der niedere Adel hatte weniger Geld zur Verfügung, was sich auch auf die Wirtschaft Innsbrucks negativ auswirkte. Lokale Steuern, die der Stadt stets verlässliche Einnahmen gebracht. Diese wurden nun zentral eingehoben und über einen Finanzausgleich zum Teil rückgeführt. Für den einfachen Bürger hatte die Vereinheitlichung der Gesetze den Vorteil, dass das Leben weniger vom eigenen Grundherrn, als vielmehr von vernünftigen und einheitlichen Gesetzen abhing. Der Robot, das Arbeiten ohne Gegenleistung auf den Gütern des Grundherrn, wurde unter Maria Theresia nach und nach im ganzen Reich abgeschafft. Auch die Gesetzesreformen hin zu einer aufgeklärten Legislative behagten konservativen Zeitgenossen nicht. So leitete Maria Theresia mit Reformen im Heer, im Schulwesen in der Verwaltung und in der Landwirtschaft wichtige Änderungen ein, die von ihrem Sohn Joseph II. zu großen Teilen fortgeführt und noch erweitert wurden. Das Wohl des Einzelnen war ihr wichtig, nicht nur aus purer Nächstenliebe. Ihre Berater hatten ganz im Stil der Aufklärung erkannt, dass sich die Stärke des Staates aus der Gesundheit und Stärke seiner Bürger formte. Dafür musste die Allmacht der Kirche zwar nicht gebrochen, aber durchaus etwas eingeschränkt werden. Untertanen sollten katholisch sein, ihre Treue aber sollte dem Staat gelten. Die gewohnte katholische Erziehung wurde durch teilweise säkulare Schulen übernommen, was in Tirol ebenfalls besonders auf Widerstand stieß. Auch der Fakt, dass die soziale Durchlässigkeit über den Militärdienst und die staatliche Verwaltung höher wurde, behagte den Tiroler Anhängern des alten Feudalwesens und Patriarchats nicht. Über Militär und Verwaltung konnten nun auch Nichtadlige in höhere staatliche Positionen aufsteigen. Die Bildung wurde ein zentraler Teil des Staates, jedoch sollten keine Geistesgrößen, sondern Material für den staatlichen Verwaltungsapparat gezüchtet werden. Auch die erste Volkszählung geht auf Maria Theresia zurück. Ihr verdanken wir die Hausnummern, die notwendig waren, um das gesamte Volk und das Staatseigentum zu katalogisieren. Auch die Wirtschaftsreformen die Maria Theresia einleitete sollten nicht nur mehr Möglichkeiten für die Untertanen schaffen, sondern auch die Staatseinnahmen erhöhen. Gewichte und Maßeinheiten wurden nominiert, um das Steuersystem undurchlässiger zu machen. Ganz im Zeitgeist kann man sowohl Maria Theresia wie auch ihre Söhne somit als aufgeklärte, absolutistische Monarchen bezeichnen. Besonders am Land waren Maria Theresia und ihr Sohn Joseph II. nicht besonders beliebt, brachte sie die gewohnte Ordnung doch zu sehr durcheinander.