Das offizielle Gründungsdatum Innsbrucks wurde irgendwann auf 1239 gelegt. Bereits einige Jahre zuvor entstand aber die Siedlung, aus der die Stadt hervorgehen sollte. Das 12. Jahrhundert war in vielen Teilen Europas von einem wirtschaftlichen, wissenschaftlichen und sozialen Aufschwung gekennzeichnet und gilt als eine Art früher Renaissance im Mittelalter. Über die Kreuzzüge kam es zum verstärkten Austausch mit den Kulturen des Nahen Ostens. Arabische Gelehrte brachten über Südspanien und Italien Übersetzungen griechischer Denker wie Aristoteles nach Europa. Universitäten wie Bologna und Prag entwickelten sich zu Horten des Wissens. Das römische Recht wurde wiederentdeckt. Die Wirtschaft begünstigte die Entstehung von Städten und größeren Siedlungen. Eine davon war ein kleiner Markt südlich des Klosters Wilten zwischen dem Inn und der Nordkette. Die Entstehung Innsbrucks ist eng mit dem Herzogtum Bayern verbunden. Bajuwaren hatten die Kontrolle über das Inntal nach dem Zusammenbruch des weströmischen Reiches im frühen Mittelalter nach und nach übernommen. Dabei stützten sie sich in der Verwaltung des Gebietes auf die bestehenden Strukturen des Klerus wie das Stift Wilten und das Bistum Brixen. Mit dem Reschen- und dem Brennerpass verfügte Tirol über zwei niedrige Alpenübergänge, die für die kaiserliche Verbindung zwischen den deutschen Ländern im Norden nach Reichsitalien mit den reichen Städten sehr wichtig waren. Um diese beiden Übergänge weg von den mächtigen bayrischen Herzögen und unter die Kontrolle der Kirche, die dem Kaiser stets nahe war, zu bringen, wurde das Territorium Tirols 1027 den beiden Bischöfen von Brixen und Trient zugesprochen. Die Grafen von Andechs waren Vögte des Bischofs von Brixen. Sie stammten aus der Gegen des bayerischen Ammersees. Für die Bischöfe verwalteten sie den mittleren Teil des Inntals, das Wipptal und das Eisacktal. Die Kirche hatte das Problem, dass sie nur die niedere Gerichtsbarkeit ausüben durfte, nicht aber Blutsgerichtsbarkeit. Sie brauchten Vertreter, die das Weltliche für sie regelten. Das war die Rolle der Vögte. Diese niedrigen Adligen wurden von der Kirche eingesetzt, um deren Besitztümer zu verwalten und zu kontrollieren. In weiten Teilen Tirols übernahmen die Andechser diese Aufgabe. Zur militärischen Kontrolle des mittleren Inntals erbauten die Andechser im heutigen Innsbrucker Stadtteil Amras im Osten Innsbrucks eine Burg, das heutige Schloss Ambras, das im Rahmen einer Fehde mit dem bayerischen Herzog 1133 geplündert und zerstört wurde. 1133 gründeten die Andechser dort, wo sich heute die beiden Stadtteile Mariahilf und St. Nikolaus befinden, einen Markt und verbanden das nördliche und das südliche Innufer über eine Brücke miteinander. Diese Brücke erleichterte den Warenverkehr in den Ostalpen ungemein. Die Zolleinnahmen des Handels zwischen den deutschen und italienischen Städten, die daraus erwirtschaftet wurden, ließen die Siedlung prosperieren. Anbruggen wuchs schnell, der Platz aber zwischen Nordkette und Inn war knapp bemessen. 1180 erwarb Berchtold V. von Andechs deshalb vom Kloster Wilten ein Stück Land auf der Südseite des Inns. Innsbruck war geboren, auch wenn die Siedlung noch kein Stadtrecht hatte. Zudem hatte sich das Stift Wilten im Tauschvertrag gewisse Rechte wie die Hoheit über die Kirche der neuen Marktgemeinde vorbehalten. Die Grafen von Andechs ließen im Zuge der Errichtung der Stadtmauer die Andechser Burg bauen und verlegten ihren Stammsitz von Meran nach Innsbruck. Auch diese Siedlung wuchs rasch und irgendwann zwischen 1187 und 1204 konnten sich die Innsbrucker über das Stadtrecht freuen, das 1239 vom letzten Grafen von Andechs Otto VIII. in einer Urkunde bestätigt wurde. Das erste noch erhalten Wappen Innsbrucks stammt aus dem Jahr 1267 und zeigt die Innbrücke auf den damals zur Sicherung verwendeten Steinkästen. Das Wappen durchlief mehrere Veränderungen durch die Jahrhunderte, blieb aber der Brücke treu. Innsbruck war zu dieser Zeit bereits die Münzprägestätte der Andechser und wäre wohl zur Hauptstadt in deren Fürstentum geworden. Es kam aber anders. Otto VIII. starb im Jahr 1248. Die Grafen von Tirol, die ihre Stammburg in der Nähe von Meran hatten, übernahmen die Kontrolle über das Inntal und die Stadt Innsbruck. Bis 1849 sollte Meran offiziell Landeshauptstadt bleiben, auch wenn Innsbruck als Residenzstadt und Wirtschaftsstandort für Tirol auf der Überholspur war.

Die Zeit zwischen der Französischen Revolution, den darauffolgenden Koalitionskriegen und der Schlacht bei Königgrätz von 1866 war für das Habsburgerreich eine kriegerische Periode, die mit der Neuordnung Europas und einem Bedeutungsverlust des Kaiserreichs Österreich endete. In den Jahren 1796 - 1815 tobten in Europa die napoleonischen Kriege. Nach der Französischen Revolution hatten die Monarchien Europas der Französischen Republik den Krieg erklärt. Die Angst ging um, dass sich der Wahlspruch der Revolution „Liberté, Égalité, Fraternité“ in Europa ausbreiten könnte und weitere Monarchen bei Aufständen ihren Kopf verlieren könnten. Ein junger General namens Napoleon Bonaparte, erst 1804 krönte er sich zum Kaiser, war mit seiner italienischen Armee im Rahmen der Koalitionskriege über die Alpen vorgerückt und traf dort auf die österreichischen Truppen, die Norditalien beherrschten. Es war nicht nur ein Krieg um Territorium und Macht, es war ein Kampf der Systeme. Die Truppen der revolutionären Republik Frankreich trafen auf die Habsburger, ein etabliertes und konservatives Fürstengeschlecht. Tirol war damals nach Süden hin bis ins heutige Trentino ein geeintes Fürstentum und somit direkte Front. Die regulären österreichischen Truppen verloren in den Jahren 1796 und 1797 mehrere Schlachten in Norditalien und mussten sich im Frieden von Campoformio den französischen Truppen ergeben. Tiroler Schützen waren dabei am Kampfgeschehen beteiligt, um die Landesgrenzen im heutigen Italien gegen die einrückenden Franzosen zu verteidigen. Die 1796 offiziell gegründete Höttinger Schützenkompanie war damals zum Beispiel Teil des Landsturms. Der Herz-Jesu-Kult, wonach Tiroler Schützen einen Bund mit dem Herzen Jesu in aussichtsloser Lage geschlossen hatten und trotz Unterzahl siegreich aus einer Schlacht hervorgingen, geht auf diese Jahre zurück. Neben der Gnadenmutter Cranachs ist die Darstellung des Herzen Jesu wohl das beliebteste christliche Motiv im ländlichen Raum und prangt auf der Fassade unzähliger Bauernhäuser. Eine andere Legende des Jahres 1796 rankt sich um eine junge Frau aus dem Dorf Spinges. Katharina Lanz, die als die Jungfrau von Spinges in die Landesgeschichte als identitätsstiftende Nationalheldin einging, soll die beinahe geschlagenen Truppen mit ihrem herrischen Auftreten in der Schlacht solcherart motiviert haben, dass sie schlussendlich den Sieg über die französische Übermacht davontragen konnten. Je nach Darstellung soll sie mit einer Mistgabel, einem Dreschflegel oder einer Sense ähnlich der französischen Jungfrau von Orleans den Truppen Napoleons das Fürchten gelehrt haben. Teile des Tiroler Selbstverständnisses rund um die Schützen und das Nationalgefühl, eine selbstständige und von Gott auserwählte Nation zu sein, die zufällig der Republik Österreich angehängt wurde, geht auf diese Legenden zurück. Nationalisten zu beiden Seiten des Brenners bedienen sich noch heute der Jungfrau von Spinges, dem Herzen Jesu und Andreas Hofers, um ihre Anliegen publikumstauglich anzubringen. 1805 übernahmen Frankreich und gemeinsam mit ihren bayerischen Verbündeten nach mehreren Niederlagen des österreichischen Heeres auf den Schlachtfeldern Europas die Verwaltung Tirols in Innsbruck. Zwar konnten die Tiroler Truppen unter Andreas Hofer (99) kleinere Erfolge feiern, erst nach Ende der Napoleonischen Kriege wurde Tirol wieder ein Teil des Habsburgerreiches. In und um Innsbruck kam es immer wieder zu Gefechten. Stadt und Bevölkerung wurden bei jedem Machtwechsel zwischen bayerisch-französischer Besatzung und Tiroler „Befreier“ in Mitleidenschaft gezogen. Das leerstehende Schloss Ambras, Innsbruck wurde ja zentral und nicht mehr von einem Landesfürsten regiert, wurde zu einem Lazarett umgewandelt.

Die Neuordnung Europas am Wiener Kongress brachte nicht nur territoriale, sondern auch verteidigungspolitische Änderungen. Die Tiroler Schützen wurden zwar nicht aufgelöst, kamen aber unter Beobachtung der Staatspolizei unter Kanzler Metternich. 1816 wurde aus dem Tiroler Jägerkorps das k.k. Tiroler Kaiserjägerregiment. In den Kriegsjahren 1848, 1859 und 1866 kam es in Italien zu den italienischen Befreiungs- und Einigungskriegen, in denen Österreich probierte seine italienischen Reichsteile Lombardei und Venetien gegen das sich neu formende Königreich Italien zu verteidigen. Innsbruck war als Garnisonsstadt ein wichtiger Versorgungsposten, obwohl die Front recht weit entfernt war. Das Tiroler Kaiserjägerregiment war in allen wichtigen Schlachten dieser Kriegsjahre beteiligt. Zur wohl bekanntesten, der Schlacht von Solferino, kam es 1859 in der Nähe des Gardasees, bei der Österreich gegen das Königreich Piemont-Sardinien und Frankreich ins Feld zog. Der Schriftsteller Joseph Roth beschreibt diese Schlacht auf den ersten Seiten seines lesenswerten Klassikers Radetzkymarsch.

„In der Schlacht bei Solferino befehligte er (Anm.: Leutnant Trotta) als Leutnant der Infanterie einen Zug. Seit einer halben Stunde war das Gefecht im Gange. Drei Schritte vor sich sah er die weißen Rücken seiner Soldaten. Die erste Reihe seines Zuges kniete, die zweite stand. Heiter waren alle und sicher des Sieges. Sie hatten ausgiebig gegessen und Branntwein getrunken, auf Kosten und zu Ehren des Kaisers, der seit gestern im Felde war. Hier und dort fiel einer aus der Reihe. Trotta sprang flugs in jede Lücke und schoß aus den verwaisten Gewehren der Toten und Verwundeten.“

Das 19. Jahrhundert war das Zeitalter des Militarismus. Die Kriege wurden sehr brutal geführt, waren aber bei weitem noch nicht die totalen Kriege, die im 20. Jahrhundert auch große Teile der Zivilbevölkerung in Mitleidenschaft ziehen würden. Es waren meist Feldschlachten zwischen großen Armeen. Was zu Problemen und hohen Opferzahlen führte, war die für die fortgeschrittene Waffentechnik eigentlich überholte Soldatenehre im Feld, die sich zumindest in den Anfangsjahren des Ersten Weltkriegs noch halten sollten. Auf Grund des hohen Blutzolls entschloss sich der Augenzeuge der Schlacht Henry Durant das Rote Kreuz zu gründen. In weiterer Folge kam es 1863 zur Genfer Konvention, in der eine Art Kriegsrecht begründet wurde.

Das Jahr 1866 stellte eine entscheidende Zäsur der österreichischen Geschichte dar. In Italien verlor das Kaiserreich Österreich Venetien und die Lombardei. Preußen und Österreich, ehemals vereint im Heiligen Römischen Reich Deutscher Nation (73) kämpften gleichzeitig um die Vorherrschaft im Deutschen Bund, aus dem das Deutsche Reich unter preußischer Führung als neuer Nationalstaat später hervorging. Preußen wollte das Kaisertum Österreich aus dem Bund deutscher Einzelstaaten zu drängen. Zwar gewann man die Schlachten gegen das Königreich Italien und seine Verbündeten, in Königgrätz ging aber der kurze als Bruderkrieg später in die Geschichte eingegangene Kampf gegen Preußen verloren. Der Grund war die technische Überlegenheit der mit Zündnadelgewehren ausgestatteten preußischen Armee, die auf die mit Vorderladern bewaffneten Soldaten Österreichs trafen. Während die österreichischen Soldaten ihre Gewehre vorne im Stehen laden mussten, konnten die preußischen Soldaten sie aus der Deckung wie Pappfiguren abschießen. Der Kampf dauerte nur wenige Stunden, forderte aber vor allem auf österreichischer Seite viele Todesopfer. Das Königreich Italien war in den Einigungskriegen zwischen 1848 und 1871 der Einheit mit Ausnahme des päpstlichen Rom und des Trentino, dem alten Süd- oder Welschtirol, nähergekommen. Nach dem Zerfall des Heiligen Römischen Reiches von 1806 war das Jahr 1866 dies der zweite Schritt, der Österreich einem nach Ost- und Südosteuropa orientierten multinationalen Großreich näherbrachte. Der Ausgleich mit Ungarn 1867 vollendete die Genese hin zur k.u.k. Monarchie Österreich-Ungarn unter der Personalunion Kaiser Franz Josef I.

Innsbrucker Soldaten waren in die Kampfhandlungen bei der Sicherung der Landesgrenzen und auf den Schlachtfeldern außerhalb Tirols beteiligt. Innsbruck besitzt einige Erinnerungsorte, die noch auf diese Kriege hinweisen. Sie befinden sich nicht in der Innenstadt, sondern an den Randgebieten. Neben dem Tummelplatz und dem Militärfriedhof Pradl wird am Berg Isel im Kaiserjägermuseum und durch eine etwas hinter dem Parkplatz abgelegene Steinsäule erinnert. Es handelt sich mit Ausnahme eines Museums nicht um eigens errichtete Denkmäler, sondern um Begräbnisstätten. Königgrätz gilt bis heute als einer der Schlüsselmomente österreichischer Geschichte. Für Innsbruck bedeutete diese Entwicklung, dass man endgültig zu einer Stadt an der westlichen Peripherie geworden war. Der Hang zur sogenannten großdeutschen Lösung, also einer Staatlichkeit mit dem Deutschen Reich gemeinsam gegenüber dem alleinstehenden Kaisertum Österreich, war in Tirol stärker ausgeprägt als im restlichen Österreich. Unter anderem war Bürgermeister Wilhelm Greil ein Verfechter einer deutschnationalen Lösung, die sich mehr nach Norden als in die östlichen Teile der Monarchie orientierte. Auf vielen Bauwerken in Innsbruck, zum Beispiel am Andreas-Hofer-Denkmal am Berg Isel oder an der Krypta am Pradler Friedhof findet sich der Eichelkranz als Symbol dieser Einstellung bis heute.

Maria Theresia zählt zu den bedeutendsten Figuren der österreichischen Geschichte. Mit der Triumphpforte und der Renovierung der Hofburg hat sie auch in Innsbruck ihre Spuren hinterlassen. Obwohl sie oft als Kaiserin tituliert wird, war sie offiziell "nur" unter anderem Erzherzogin von Österreich, Königin von Ungarn und Königin von Böhmen. Auf den Kaisertitel verzichtete sie sehr rücksichtsvoll im Sinne ihres Gatten Franz Stephan von Lothringen. Der stand als Großherzog der Toskana laut spanischem Hofzeremoniell niedriger als seine Frau, die ja Königin war. Erst mit seiner Krönung zum Römischen Kaiser konnte er sie überholen. Franz Stephan war ein fähiger und tüchtiger Mann, per Geburt konnte er aber, was die Titel anbelangt, mit Maria Theresia nicht mithalten. Er erwirtschaftete sich als Unternehmer ein großes Privatvermögen und begründete naturwissenschaftliche Sammlungen. Franz Stephan gab auch entscheidende Impulse während der Modernisierungsphase des Staates, war er doch aufgeklärt und sogar Mitglied der Freimaurer. Sein Tod machte Innsbruck für kurze Zeit zum Nabel der Welt. Während den Hochzeitsfeierlichkeiten seines Sohnes Leopold, die in Innsbruck von statten gingen, erlitt Franz Stephan einen Schlaganfall und verstarb. Die Ehe zwischen Maria Theresia und Franz Stephan, zumindest wird es so erzählt, sei sehr liebevoll gewesen, auch wenn Franz Stephan schon zu Lebzeiten mehr als nur eine Affäre nachgesagt wurde. Mit insgesamt 16 Nachkommen, die dieser Ehe entsprangen, war auch für ausreichend Nachwuchs gesorgt, der quer durch Europa verheiratet und auf wichtigen Stellen der Macht installiert wurde. Die im Zuge der Französischen Revolution enthauptete Marie Ehefrau von Ludwig XVI., war eine Tochter Maria Theresias. Maria Carolina wurde an Ferdinand von Neapel verheiratet. Hochzeiten waren auch in der als aufgeklärt geltenden Zeit Maria Theresias ein Mittel, um Außenpolitik zu betreiben. Durch die Hochzeit Marie Antoinettes wurde die Erzfeindschaft mit Frankreich zumindest für eine Zeit lang begraben. Die Dynastien der Bourbonen und der Habsburger waren geeint, zumindest bis zur Französischen Revolution.

So sehr sie sich auch als fromme Landesmutter inszenierte, Maria Theresia war nicht zimperlich in Fragen von Macht und Religion. Sie war wie fast alle Habsburger fromm katholisch. Im Trend der Zeit der Aufklärung ließ sie Aberglauben wie den Vampirismus, der in den östlichen Teilen ihres Reiches weit verbreitet war, nach neuestem Erkenntnisstand kritisch untersuchen. Gleichzeitig aber wurden Protestanten von ihr gnadenlos des Landes verwiesen. Viele Tiroler mussten ihr Heimatgebiet verlassen und sich in weiter vom Zentrum entfernten Teilen des Habsburgerreiches niederlassen. In Prag kam es 1744 zur größten Ausweisung von Juden bis zum Holocaust. Diese Diskriminierung war unter aufgeklärten Zeitgenossen keineswegs gerne gesehen, die fromme Habsburgerin ließ sich aber von ihren Beratern nicht davon abbringen sie trotzdem durchzusetzen. Bedeutend waren ihre innenpolitischen Reformen. Gemeinsam mit ihren Beratern Friedrich Wilhelm von Haugwitz, Joseph von Sonnenfels und Wenzel Anton Kaunitz schaffte sie es aus den sogenannten Österreichischen Erblanden einen modernen Staat zu basteln. Die Tatsache, dass sowohl von Haugwitz, ein konvertierter Protestant und von Sonnenfels, er mit jüdischer Abstammung, keine gebürtigen Katholiken waren, ist ein kleiner Seitenhieb der Geschichte. Besonders in Tirol stießen diese Maßnahmen auf wenig Gegenliebe. Man sah sich mehr als eigenständiges und autonomes Land, weniger als Teil eines Territorialstaates im Sinne Maria Theresias. Hatte man zuvor bereits auf die Errichtung eines eigenen Landesfürstentums verzichtet, wurde nun auch der Tiroler Landtag nicht mehr einberufen. Anstatt der Verwaltung ihrer Territorien durch den ansässigen Adel setzte sie auf eine moderne Verwaltung. Legislative und Exekutive wurden nach uns nach zentralisiert. 1747 wurde in Innsbruck durch kaiserliche Genehmigung die „kleine Polizei“ eingesetzt, die sich um Marktaufsicht, Lebensmittelkontrolle, Fremdenkontrolle, Sitten, Wirtshäuser und Gewerbelizenzen kümmerte. Für die lokale Aristokratie bedeutete dies nicht nur den Verlust von Autonomie, sondern auch höhere Steuern und Abgaben. Tirol war schon seit geraumer Zeit von Gubernatoren verwaltet worden anstatt von einem eigenen Landesfürsten. Mit der Zentralisierung verlor die lokale Regierung weiter an Einfluss. Der niedere Adel hatte weniger Geld zur Verfügung, was sich auch auf die Wirtschaft Innsbrucks negativ auswirkte. Lokale Steuern, die der Stadt stets verlässliche Einnahmen gebracht. Diese wurden nun zentral eingehoben und über einen Finanzausgleich zum Teil rückgeführt. Für den einfachen Bürger hatte die Vereinheitlichung der Gesetze den Vorteil, dass das Leben weniger vom eigenen Grundherrn, als vielmehr von vernünftigen und einheitlichen Gesetzen abhing. Der Robot, das Arbeiten ohne Gegenleistung auf den Gütern des Grundherrn, wurde unter Maria Theresia nach und nach im ganzen Reich abgeschafft. Auch die Gesetzesreformen hin zu einer aufgeklärten Legislative behagten konservativen Zeitgenossen nicht. So leitete Maria Theresia mit Reformen im Heer, im Schulwesen in der Verwaltung und in der Landwirtschaft wichtige Änderungen ein, die von ihrem Sohn Joseph II. zu großen Teilen fortgeführt und noch erweitert wurden. Das Wohl des Einzelnen war ihr wichtig, nicht nur aus purer Nächstenliebe. Ihre Berater hatten ganz im Stil der Aufklärung erkannt, dass sich die Stärke des Staates aus der Gesundheit und Stärke seiner Bürger formte. Dafür musste die Allmacht der Kirche zwar nicht gebrochen, aber durchaus etwas eingeschränkt werden. Untertanen sollten katholisch sein, ihre Treue aber sollte dem Staat gelten. Die gewohnte katholische Erziehung wurde durch teilweise säkulare Schulen übernommen, was in Tirol ebenfalls besonders auf Widerstand stieß. Auch der Fakt, dass die soziale Durchlässigkeit über den Militärdienst und die staatliche Verwaltung höher wurde, behagte den Tiroler Anhängern des alten Feudalwesens und Patriarchats nicht. Über Militär und Verwaltung konnten nun auch Nichtadlige in höhere staatliche Positionen aufsteigen. Die Bildung wurde ein zentraler Teil des Staates, jedoch sollten keine Geistesgrößen, sondern Material für den staatlichen Verwaltungsapparat gezüchtet werden. Auch die erste Volkszählung geht auf Maria Theresia zurück. Ihr verdanken wir die Hausnummern, die notwendig waren, um das gesamte Volk und das Staatseigentum zu katalogisieren. Auch die Wirtschaftsreformen die Maria Theresia einleitete sollten nicht nur mehr Möglichkeiten für die Untertanen schaffen, sondern auch die Staatseinnahmen erhöhen. Gewichte und Maßeinheiten wurden nominiert, um das Steuersystem undurchlässiger zu machen. Ganz im Zeitgeist kann man sowohl Maria Theresia wie auch ihre Söhne somit als aufgeklärte, absolutistische Monarchen bezeichnen. Besonders am Land waren Maria Theresia und ihr Sohn Joseph II. nicht besonders beliebt, brachte sie die gewohnte Ordnung doch zu sehr durcheinander.