Die Zeit der napoleonischen Kriege bescherte dem Land Tirol ein nationales Epos und einen Helden, dessen Glanz bis in die heutige Zeit strahlt. Grund dafür war nach 1703 einmal mehr eine Auseinandersetzung mit dem nördlichen Nachbarn und dessen Verbündeten. Das Königreich Bayern war während der Napoleonischen Kriege, wie schon während des Spanischen Erbfolgekrieges (96) mit Frankreich verbündet und konnte in mehreren Etappen des Kriegs zwischen 1796 und 1805 Tirol erobern. Innsbruck war nicht mehr Landeshauptstadt Tirols, sondern nur noch eine von vielen Kreishauptstädten der Verwaltungseinheit Innkreis. Das Land hing von bayerischem Wohlwollen ab. Steuern wurden erhöht, Befugnisse verringert. Prozessionen und religiöse Feste der konservativen und frommen Tiroler fielen dem aufklärerischen Programm der von der französischen Revolution geprägten neuen Landesherren zum Opfer. Strengen Katholiken wie dem später als Kriegstreiber auftretenden Pater Haspinger waren auch Maßnahmen wie die von den Bayern verordneten Pockenimpfungen zuwider. Das und die Aushebung zum Dienst in der bayrisch-napoleonischen Armee, obwohl Tiroler seit dem Landlibell, einem Gesetz Kaiser Maximilians (83), nur für die Verteidigung der eigenen Grenzen herangezogen werden durften, führte zu ersten Unruhen. Am 10. April kam es bei einer Aushebung in Axams bei Innsbruck zu einem Tumult, der schließlich zu einem Aufstand führte. Für Gott, Kaiser und Vaterland kamen Abteilungen der Tiroler Landesverteidigung zusammen, um den kleinen Armeeteil und die Verwaltungsbeamten der Bayern aus der Stadt zu vertreiben. Dabei plünderten sie auch Innsbrucker Häuser, deren teilweise liberale Bevölkerung der modernen bayrischen Verwaltung nicht in allem abgeneigt war. Napoleon war bekannt dafür, unterworfene Gebiete mit Toleranz ähnlich einer Pax Romana zu behandeln, solange die neuen Bürger sich nicht auflehnten. Teilen der Bürgerschaft wäre dieser frische Wind, der aus dem revolutionären Frankreich herüberwehte, auch wenn Napoleon sich mittlerweile vom Konsul zum Kaiser erhoben hatte, lieber gewesen als die konservativen Habsburger. Der Mob und die Schützen vereint waren für die Stadt wohl wesentlich schädlicher als die bayrischen Verwalter seit 1805. Vor allem gegen den kleinen jüdischen Bevölkerungsanteil Innsbrucks kam es zu heftigen Ausschreitungen der erzkonservativen katholischen Triumphatoren unter Andreas Hofer. Schon einen Monat später hatten Bayern und Franzosen Innsbruck aber wieder zurückerobert. Was nun folgte, war das, was als Tiroler Erhebung unter Andreas Hofer, der mittlerweile das Oberkommando über die Tiroler Landesverteidigung übernommen hatte, in die Geschichtsbücher eingehen sollte. Insgesamt drei Mal konnten die Tiroler Aufständischen den Sieg vom Schlachtfeld tragen und die Stadt „befreien“ oder verteidigen. Besonders bekannt ist die 3. Schlacht im August 1809 am Berg Isel. „Innsbruck sieht und hört, was es noch nie gehört und gesehen: eine Schlacht von 40.000 Kombattanten…“ Für kurze Zeit war Andreas Hofer in Ermangelung regulärer Tatsachen Oberkommandant Tirols, auch für zivile Angelegenheiten. Die Kosten für Kost und Logis dieses Bauernregiments musste die Stadt Innsbruck tragen. Seine Antrittsrede, die er an die Bürger der Stadt hielt, findet sich noch auf einer Tafel vor dem Eingang des Gasthofs Goldener Adler in der Altstadt. Am Ende gab es im Herbst 1809 allerdings in der vierten und letzten Schlacht am Berg Isel eine empfindliche Niederlage gegen die französische Übermacht. Hofer selbst war zu dieser Zeit bereits ein von der Belastung dem Alkohol gezeichneter Mann. Konservative Kräfte und die Regierung in Wien hatten ihn vor allem als taktischen Prellbock im Krieg gegen Napoleon benutzt. Bereits zuvor hatte der Kaiser das Land Tirol offiziell im Friedensvertrag von Schönbrunn wieder abtreten müssen. Innsbruck war zwischen 1810 und 1814 wieder unter bayrischer Verwaltung. Andreas Hofer wurde gefangengenommen und am 20. Januar 1810 in Mantua in Norditalien hingerichtet.

In drei siegreichen und einer verlorenen Schlacht am Berg Isel hatte der "Sandwirt" 1809 in der Tiroler Erhebung gegen die bayrischen Besatzer Tirols gekämpft. Dieser „Freiheitskampf“ symbolisiert bis heute für das Tiroler Selbstverständnis. Lange Zeit galt Andreas Hofer, der Wirt aus dem Südtiroler Passeiertal als unumstrittener Held und als Prototyp des wehrhaften, vaterlandstreuen und standhaften Tirolers. Der Underdog, der sich gegen die fremde Übermacht und unheilige Sitten wehrte. Tatsächlich war Hofer wohl ein charismatischer Anführer, politisch aber unbegabter und konservativ-klerikaler, simpler Geist. Seine Taktik bei der 3. Schlacht am Berg Isel „Grad nit aufferlassen tiat sie“ (Ann.: Ihr dürft sie nur nicht heraufkommen lassen) fasst dies wohl ganz gut zusammen. Die von ihm als Landeskommandant erlassenen Gesetze erinnern eher an einen Tiroler Gottesstaat als ein modernes Land des 19. Jahrhunderts. So sollten Frauen züchtig verhüllt auf die Straßen gehen, die Bildung wieder vollinhaltlich an den Klerus gehen und allzu freizügige Denkmäler wie die heute am Leopoldsbrunnen zu besichtigenden Nymphen aus dem öffentlichen Raum verbannt werden. Liberale und Intellektuelle wurden teils verhaftet, dafür wurde das Rosenkranzbeten zum Gebot. In Tirol wurde und wird er trotzdem gerne für alle möglichen Initiativen und Pläne vor den Karren gespannt. Vor allem im Nationalismus des 19. Jahrhunderts berief man sich immer wieder auf den verklärten Helden Andreas Hofer. Hofer wurde über Gemälde, Flugblätter und Schauspiele zur Ikone stilisiert. Aber auch heute noch kann man das Konterfei des Oberschützen sehen, wenn sich Tiroler gegen unliebsame Maßnahmen der Bundesregierung, den Transitbestimmungen der EU oder der FC Wacker gegen auswärtige Fußballvereine zur Wehr setzen. Das Motto lautet dann „Mannder, s´isch Zeit!“.  1896 wurde der Kampf der Tiroler gegen Bayern und Franzosen am Riesenrundgemälde festgehalten. Dieses Gemälde kann im Museum 1809 am Berg Isel noch bewundert werden.

In konservativen Kreisen Tirols wie den Schützen wird Hofer unkritisch und kultisch verehrt. Das Tiroler Schützenwesen ist noch gelebtes Brauchtum, das sich zwar modernisiert hat, in vielen dunklen Winkeln aber noch den Mief des Reaktionären mit sich trägt. Wiltener, Amraser, Pradler und Höttinger Schützen marschieren immer noch einträchtig neben dem Klerus, Trachtenvereinen und Marschmusikkapellen bei kirchlichen Prozessionen und schießen in die Luft, um alles Übel von der katholischen Kirche fernzuhalten. Die Legende vom wehrfähigen Tiroler Bauern, der unter Tags das Feld bestellt und sich abends am Schießstand zum Scharfschützen und Verteidiger der Heimat ausbilden lässt, wird immer wieder gerne aus der Schublade geholt zur Stärkung der „echten“ Tiroler Identität. Auch in der Schule lernen Kinder noch recht einseitig die Geschichte von den bösen Franzosen und den braven Tirolern unter ihrem Anführer Andreas Hofer. In den letzten Jahrzehnten allerdings setzte eine kritische Betrachtung des erzkonservativen und mit seiner Aufgabe als Tiroler Landeskommandanten wohl überforderten Schützenhauptmanns ein, der angestachelt von Teilen der Habsburger (77) und der katholischen Kirche nicht nur Franzosen und Bayern, sondern auch das liberale Gedankengut der Aufklärung vehement aus Tirol fernhalten wollte. Der Todestag Andreas Hofers am 20. Februar lockt bis heute regelmäßig fromme Schützen aus allen Landesteilen Tirols in die Landeshauptstadt.  In Innsbruck erinnern die Andreas-Hofer-Straße, der Berg Isel und viele Denkmäler an Andreas Hofer und die Tiroler Erhebung von 1809.